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Le FAWE a été créé en 1992 sur l’initiative de cinq femmes ministres de l’éducation : feue S.E. Vida Yeboa du Ghana, S.E. Simone de Comarmond des Seychelles, S.E. Paulette Missambo du Gabon, S.E. Dr Fay Chung du Zimbabwe et S.E. Alice Tiendrebéogo du Burkina Faso.
Le FAWE a vu le jour à l’issue de discussions qui se sont tenues entre les ministres africaines et les représentants de l’agence donatrice ADEA (Association pour le développement de l'éducation en Afrique anciennement Donors to African Education (DAE) créée sur l’initiative de la Banque mondiale). Le FAWE a été créé avec la ferme conviction que les femmes à des postes de décisionnaires ont la possibilité de changer le cours des événements de manière significative.
La création du FAWE a été formalisée lors d’une réunion qui s’est tenue en septembre 1992 au centre de conférence de la Fondation Rockefeller à Bellagio en Italie.
Dans son discours d’ouverture, S.E. Dr Chung a déclaré : « Nous voici réunis ici pour réfléchir aux interventions pratiques et gérables qui contribueront de manière réaliste à améliorer la situation actuelle. Nous ne sommes pas un groupe impuissant. Il est nécessaire que nous ayons une vision des objectifs que nous cherchons à atteindre, et de réaliser que chaque jour, nous pouvons accomplir quelque chose de positif ».
La réunion à Bellagio a permis de rassembler 19 femmes africaines hautes responsables en matière d’éducation autour d’une préoccupation commune : la situation déplorable de l’éducation des femmes en Afrique.
De façon, pour ces ministres, vices-présidentes et éducatrices éminentes, à pouvoir changer le cours des choses comme elles le souhaitaient, il a été nécessaire de mettre en place un mécanisme qui leur permettrait de partager leurs points de vue, d’échanger à propos de leur expérience, d’explorer des alternatives et de mettre en commun leurs ressources intellectuelles de manière constante. La formation d’un réseau qui puisse soutenir les membres et leurs institutions, renforcer leurs capacités pour influencer les processus d’élaboration de politiques, constituait clairement une priorité.
Le FAWE a été immatriculé en tant qu’organisation non-gouvernementale panafricaine à Nairobi au Kenya en 1993.